پرایمر رشته کوتاهی از آر ان ای یا دی ان ای است که معمولاً از ۱۸ تا ۲۲ باز تشکیل شده‌است. این رشته کوتاه به عنوان نقطه ای برای آغاز سنتز دی ان ای عمل می‌کند. پرایمر جزئی ضروری در فرایند رونویسی دی ان ای محسوب می‌شود چرا که آنزیم‌های کاتالیز کننده این فرایند DNA polymeraseهاتنها قادر هستند نوکلئوتیدها را به یک رشته موجود از جنس دی ان ای اضافه کنند. پلیمراز رونویسی را از انتهای ‘۳ پرایمر آغاز کرده و شروع به کپی کردن رشته مقابل می‌کند. به منظور این که مرحله اتصال پرایمر ها(annealing) طی فرایند PCR به درستی اتفاق بیفتد نیاز است تا هر دو پرایمر forward و revearseدمای ذوب مشابهی داشته باشند. توالی پرایمرها باید منحصر به فرد بوده و دربردارنده قطعه DNA ی مورد نظر باشند. همچنین باید تا حد ممکن امکان اتصال اشتباه به توالی‌های مشابه وجود نداشته باشد. یک روش متداول که به منظور طراحی پرایمر به کار می‌رود BLAST است. در این روش همه نواحی که امکان اتصال پرایمر به آن‌ها وجود دارد، قابل مشاهده است. گزینه Primer-BLAST که بستر آن NCBI است امکان طراحی همزمان پرایمر و Blast کردن با توالی را فراهم می‌کند. نرم‌افزارهایی مانند ePrime و Beacon Designer نیز از انواع دیگر این ابزارها هستند. شبیه‌سازی‌های کامپیوتری برای PCR نیز می‌تواند در طراحی پرایمر به ما کمک کند. برنامه‌های بسیاری برای طراحی پرایمر به صورت آنلاین در دسترس هستند که برخی از آن‌ها به‌طور ویژه برای طراحی پرایمر در فرایند PCR کاربرد دارند. همچنین از ابزارهایی مانند Primer3Plus وPrimerQuest می‌توان جهت یافتن پرایمرهای جفت شونده با اختصایت بالا استفاده کرد.
طراحی پرایمر
پرایمر رشته کوتاهی از آر ان ای یا دی ان ای است که معمولاً از ۱۸ تا ۲۲ باز تشکیل شده‌است. این رشته کوتاه به عنوان نقطه ای برای آغاز سنتز دی ان ای عمل می‌کند. پرایمر جزئی ضروری در فرایند رونویسی دی ان ای محسوب می‌شود چرا که آنزیم‌های کاتالیز کننده این فرایند DNA polymeraseهاتنها قادر هستند نوکلئوتیدها را به یک رشته موجود از جنس دی ان ای اضافه کنند. پلیمراز رونویسی را از انتهای ‘۳ پرایمر آغاز کرده و شروع به کپی کردن رشته مقابل می‌کند. به منظور این که مرحله اتصال پرایمر ها(annealing) طی فرایند PCR به درستی اتفاق بیفتد نیاز است تا هر دو پرایمر forward و revearseدمای ذوب مشابهی داشته باشند. توالی پرایمرها باید منحصر به فرد بوده و دربردارنده قطعه DNA ی مورد نظر باشند. همچنین باید تا حد ممکن امکان اتصال اشتباه به توالی‌های مشابه وجود نداشته باشد. یک روش متداول که به منظور طراحی پرایمر به کار می‌رود BLAST است. در این روش همه نواحی که امکان اتصال پرایمر به آن‌ها وجود دارد، قابل مشاهده است. گزینه Primer-BLAST که بستر آن NCBI است امکان طراحی همزمان پرایمر و Blast کردن با توالی را فراهم می‌کند. نرم‌افزارهایی مانند ePrime و Beacon Designer نیز از انواع دیگر این ابزارها هستند. شبیه‌سازی‌های کامپیوتری برای PCR نیز می‌تواند در طراحی پرایمر به ما کمک کند. برنامه‌های بسیاری برای طراحی پرایمر به صورت آنلاین در دسترس هستند که برخی از آن‌ها به‌طور ویژه برای طراحی پرایمر در فرایند PCR کاربرد دارند. همچنین از ابزارهایی مانند Primer3Plus وPrimerQuest می‌توان جهت یافتن پرایمرهای جفت شونده با اختصایت بالا استفاده کرد.
دیدگاهتان را بنویسید