Gel purification یا خالص سازی از ژل به شما امکان می دهد قطعات DNA را بر اساس اندازه جدا و تصفیه کنید. به دنبال الکتروفورز ، می توانید باند های DNA را از ژل آگارز برش داده و نمونه های DNA را تصفیه کنید. این یک روش متداول برای کلونینگ مولکولی ، مانند کلونینگ بر مبنای PCR- یا آنزیم محدود کننده است.